數學科學學院

系：

• 數學與應用數學系
• 信息與計算數學系
• 概率與數理統計系

教學部：

• 廈門大學公共數學教學部

校批機構：

• 廈門大學數學研究所
• 廈門大學精算學研究中心
• 數學科學學院計算科學實驗中心

物理科學與技術學院

系（或相當于系的實體機構）：

• 物理學系
• 天文學系
• 生物仿生及軟物質研究院
• 電磁聲學研究院

教育部批準設立的研究機構：

• 微納光電子材料與器件教育部工程研究中心
• 柔性物質研究及應用創新引智基地

福建省批準設立的研究機構：

• 福建省半導體光電材料及其高效轉換器件協同創新中心
• 福建省柔性功能材料重點實驗室
• 福建省LED照明與顯示行業技術開發基地
• 福建省等離子體與磁共振研究重點實驗室
• 福建省半導體材料及應用重點實驗室
• 福建省半導體照明工程技術研究中心

廈門市批準設立的研究機構：

• 廈門市光電信息材料與器件工程技術研究中心

校批機構：

• 廈門大學理論物理與天體物理研究所
• 廈門大學電子技術研究所
• 廈門大學半導體光子學研究中心
• 中國-澳大利亞功能納米材料聯合實驗室

化學化工學院（理學部分）

系：

• 化學系
• 化學工程與生物工程系
• 化學生物學系

國家工程實驗室：

• 醇醚酯化工清潔生產國家工程實驗室（廈門大學）
• 新能源汽車動力電源技術國家地方聯合工程實驗室(廈門大學)

教育部批準設立的研究機構：

• 能源材料化學協同創新中心（廈門大學、復旦大學、中國科學技術大學、中國科學院大連化學研究所）
• 譜學分析與儀器教育部重點實驗室
• 電化學技術教育部工程研究中心
• 教育部物理化學研究所

國家級示范中心：

• 國家級化學實驗教學示范中心

福建省批準設立的研究機構：

• 福建省化學生物學重點實驗室
• 福建省理論與計算化學重點實驗室
• 福建省電化學工程技術研究中心
• 福建省納米制備技術工程研究中心
• 福建省新能源汽車動力電池及儲能關鍵材料工程實驗室
• 福建省高校化石能源化學與化工重點實驗室
• 福建省高校無機化學與功能材料重點實驗室
• 福建省電鍍及表面處理行業技術開發基地
• 福建省電鍍及表面處理行業技術開發基地

廈門市批準設立的研究機構：

• 廈門市分子納米技術與分析科學重點實驗室
• 廈門市合成生物技術重點實驗室

校批機構：

• 理論化學研究中心
• 納米科技中心
• 化學電源研究中心

固體表面物理化學國家重點實驗室

能源材料化學協同創新中心