自然科學學部
數學科學學院
系:- 數學與應用數學系
- 信息與計算數學系
- 概率與數理統計系
- 廈門大學公共數學教學部
- 廈門大學數學研究所
- 廈門大學精算學研究中心
- 數學科學學院計算科學實驗中心
物理科學與技術學院
系(或相當于系的實體機構): 教育部批準設立的研究機構:- 微納光電子材料與器件教育部工程研究中心
- 柔性物質研究及應用創新引智基地
- 福建省半導體光電材料及其高效轉換器件協同創新中心
- 福建省柔性功能材料重點實驗室
- 福建省LED照明與顯示行業技術開發基地
- 福建省等離子體與磁共振研究重點實驗室
- 福建省半導體材料及應用重點實驗室
- 福建省半導體照明工程技術研究中心
- 廈門市光電信息材料與器件工程技術研究中心
- 廈門大學理論物理與天體物理研究所
- 廈門大學電子技術研究所
- 廈門大學半導體光子學研究中心
- 中國-澳大利亞功能納米材料聯合實驗室
化學化工學院(理學部分)
系:- 化學系
- 化學工程與生物工程系
- 化學生物學系
- 醇醚酯化工清潔生產國家工程實驗室(廈門大學)
- 新能源汽車動力電源技術國家地方聯合工程實驗室(廈門大學)
- 福建省化學生物學重點實驗室
- 福建省理論與計算化學重點實驗室
- 福建省電化學工程技術研究中心
- 福建省納米制備技術工程研究中心
- 福建省新能源汽車動力電池及儲能關鍵材料工程實驗室
- 福建省高校化石能源化學與化工重點實驗室
- 福建省高校無機化學與功能材料重點實驗室
- 福建省電鍍及表面處理行業技術開發基地
- 福建省電鍍及表面處理行業技術開發基地
- 廈門市分子納米技術與分析科學重點實驗室
- 廈門市合成生物技術重點實驗室